Περί τα τέλη Οκτωβρίου – αρχές Νοεμβρίου του έτους 1461, οι Τούρκοι επέδραμαν και κυρίευσαν την νήσο Λέσβο.
Τον Απρίλιο του έτους 1462, οι Έλληνες Χριστιανοί κάτοικοι της περιοχής της θερμής, μη ανεχόμενοι την βαρύτατη φορολογία που επιβλήθηκε από τους βάρβαρους κατακτητές, επαναστάτησαν. Κατόπιν αυτού, ο Τούρκος Σουλτάνος Μωάμεθ Β’ εξοργίσθηκε και εξαπέστειλε ένοπλες ορδές με την ρητή εντολή να καταπνίξουν την εξέγερση των Ελλήνων διά πυρός και σιδήρου, πράγμα το οποίο πέτυχαν οι κτηνώδεις βάρβαροι μετά από αγώνα 17 ημερών, αφανίζοντας τους κατοίκους προς παραδειγματισμό.
Την Μεγάλη Πέμπτη, 4ην Απριλίου 1462, ο Επιστάτης της Μονής Ακίνδυνος, έχοντας μεταβεί στην Αγορά του διπλανού προς τη Μονή χωριού για αγορά προμηθειών, πληροφορήθηκε την επικείμενη επιδρομή των Τούρκων κατά της Μονής και έσπευσε αμέσως να πληροφορήσει τον Ηγούμενο πατέρα Ραφαήλ. Αμέσως τότε, ο Ηγούμενος προέβη εις την φύλαξη όλων των Κειμηλίων και Σκευών της Ιεράς Μονής, μέσα σε μυστική κρύπτη, ώστε να μη περιέλθουν στα χέρια των άπιστων βαρβάρων.
Την Μεγάλη Παρασκευή 5ην Απριλίου 1462, οι Τούρκοι κατόπιν υποδείξεως του ανθέλληνα φίλου τους Γερμανοεβραίου Ιατρού Σβάϊτσερ (SWAΪTZER), με αρχηγό τον θηριώδη Αρίφ Αγά, πληροφορήθηκαν ότι ορισμένοι από τους εξεγερθέντες Έλληνες της περιοχής που αντιστέκονταν ακόμη είχαν βρει καταφύγιο στην Μονή.
Με την λήξη της Ακολουθίας του Επιταφίου, επέδραμαν εναντίον της Μονής. Κατά την εκδήλωση της επιθέσεως των Τούρκων, ο ηρωικός Ηγούμενος Ραφαήλ, υπέδειξε στους επαναστατημένους Έλληνες που βρίσκονταν εκεί κρυφή δίοδο διαφυγής διά της οποίας τους απέστειλε με ρητή εντολή του στο παρακείμενο Όρος Παντέρα, για να διασωθούν. 0ι Τούρκοι, επιτιθέμενοι με ιδιαίτερο μένος κατά της Μονής, την κατέλαβαν χωρίς να τους αντισταθεί κανείς, συνέλαβαν τους πατέρες, καθώς και όσους λαϊκούς βρήκαν εκεί. Στους συλληφθέντες συγκαταλέγονταν ο Ηγούμενος της Μονής πατήρ Ραφαήλ, ο Διάκονος Νικόλαος, ο Προεστός του χωριού Βασίλειος, η σύζυγός του Μαρία, η 12ετής κόρη του Ειρήνη, το ηλικίας 11 μηνών βρέφος Ραφαήλ, ή ορφανή 16ετής ανεψιά του Ελένη, ο Διδάσκαλος του χωριού Θεόδωρος εξ Ηπείρου. Ο Ηγούμενος, με την πεποίθηση ότι ο καλός Ποιμένας ουδέποτε εγκαταλείπει το Ποίμνιο, αλλά θυσιάζεται για χάριν του, παρέμεινε στη Μονή να αντιμετωπίσει τους στυγνούς κακούργους. Επίσης, κατόπιν σταθερής επιμονής τους και με την ελεύθερη τους βούληση, και οι υπόλοιποι που προαναφέρθηκαν παρέμειναν πλησίον του Ηγουμένου αποφασισμένοι να του συμπαρασταθούν σθεναρά και να συμμετάσχουν στη θυσία και το μαρτύριο αυτού ως πιστοί εν Χριστώ αδελφοί και ακόλουθοι.
Ο Μοναχός πατήρ Σταύρος καθώς και ο γιος της Μελπομένης και Επιστάτης της Μονής Ακίνδυνος, διέφυγαν την σύλληψη, με προτροπή του Ηγουμένου Ραφαήλ. Θα τελούσαν αργότερα το Ιερό καθήκον του ενταφιασμού των τιμίων Λειψάνων των Μαρτύρων, κατά την πρόβλεψη του ιδίου του Αγίου.
Τα Μαρτύρια των Αγίων
Από τη στιγμή της συλλήψεως του Ηγουμένου Ραφαήλ τη νύκτα της Μεγάλης Παρασκευής, άρχισαν οι ανακρίσεις, με τον πιο άγριο τρόπο. Αφού οι Τούρκοι δεν κατάφεραν να πάρουν με τις ανακρίσεις τις πληροφορίες που ήθελαν, άρχισαν τους βασανισμούς.
Πρώτα, άρπαξαν από την αγκαλιά της μητέρας του το 11 μηνών βρέφος Ραφαήλ, το έριξαν στο έδαφος και το φόνευσαν με χτυπήματα και ποδοπατήματα. Την ίδια τη μητέρα του, Μαρία, την έδεσαν σε ένα δέντρο, επειδή ορμούσε να πάρει το παιδί της, φώναζε και έκλαιγε.

Μετά άρχισαν να βασανίζουν σκληρά την 12ετή Παρθενομάρτυρα ΕΙΡΗΝΗ, κόρη του Προεστού Βασιλείου, μπροστά στους γονείς της, προκειμένου να κάμψουν το ηθικό τους και να τους εκβιάσουν, για να απαρνηθούν την Πίστη τους και να αποκαλύψουν τον τόπο στον οποίο κρυβόντουσαν οι επαναστάτες Έλληνες. Άρχισαν λοιπόν να ρίχνουν βραστό νερό στο στόμα της μικρής Ρηνούλας και μετά απέκοψαν διαδοχικά το ένα της χέρι και το ένα της πόδι, ρίχνοντας τα αιμόφυρτα ακρωτηριασμένα μέλη της μπροστά στους γονείς της, για να κάμψουν την αντίστασή τους.
Η μητέρα της, δεν άντεξε στη θέα όλων αυτών και από το σπάραγμα ψυχής έπαθε συγκοπή. Ο πατέρας της όμως, παρά τον τεράστιο ψυχικό του πόνο άντεξε και έμεινε ακλόνητος. Βλέποντας λοιπόν οι βάρβαροι ότι η απόπειρα εκβιασμού απέβηκε ανεπιτυχής και μάταια, την έριξαν σε ένα μεγάλο πιθάρι και την έκαψαν ζωντανή, ολοκληρώνοντας το μαρτύριό της. (Το πιθάρι αυτό βρέθηκε στις ανασκαφές των ημερών μας, με στάχτη μέσα, λίγα καμένα οστά και κάποιες πέτρες. Τα λίγα οστά αυτά έμειναν διότι δεν τα είδαν όταν ενταφίασαν τα υπόλοιπα καμένα υπολείμματα που υπήρχαν στο πιθάρι, ενώ οι πέτρες έπεσαν στο πιθάρι από τους τοίχους της Εκκλησίας, όταν την ανατίναξαν οι Τούρκοι)
Την
νεαρή ανεψιά του Προεστού, Ελένη, η οποία ήταν 15 χρονών και από ηλικίας τριών ετών είχε μείνει ορφανή, την